La ciencia española no necesita Tijeras

Este lema y unos cuantos logos se gestaron en unas cuantas horas por la web cuando se conoció la noticia de un recorte de hasta el 37% en el presupuesto del Ministerio de Ciencia.
Hoy es el día elegido para que todos los blogueros hagan campaña contra la posible medida, porque cualquiera con dos dedos de frente ve que se contradice con esto.

Mi razón: porque ya invertimos demasiado poco:

Esta tabla, extraida del INE muestra que la inversión en i+D en España es menor que la media de la UE, muy por debajo de los grandes de siempre y muy cercana a la italiana, pero creo que Italia últimamente no es un modelo a seguir...

Como lectura recomendada para el día: El espejismo de la ciencia en España

EDIT: A 4 días de la fecha señalada RTVE.es ya se hizo eco de la noticia y eran más de 300 los blogs adheridos

EDIT: El día antes se cuentan 604 blogs adheridos y más de 1000 miembros en el grupo de Facebook

EDIT: Se ha creado una "web oficial", y seguir la iniciativa en el Twitter tijerasNo

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El proyecto Genographic, un año despues

El año pasado os presenté The Genographic, un proyecto conjunto de IBM y National Geographic para estudiar los movimientos migratorios de la humanidad desde que apareciera hace 200.000 años, así que vamos a ver cómo ha avanzado el proyecto.

Hay que decir que se nota la mano de National Geographic acercando siempre la investigación a la gente de a pie :). En la página web del proyecto podemos consultar un mapa multimedia sobre el que se indican las rutas migratorias, los grandes hitos de nuestra historia y cómo desbancamos a los Neardentales.


Así por ejemplo podemos descubrir que Australia fue colonizada antes que Europa y, a su vez, toda América antes que España. ¿Y de España qué dice?

Hace uno s 30.000 años un grupo, que ha recibido el marcador M343, dominó la expansión por toda Europa dando origen a los Cromagnon y revolucionando el arte con las pinturas rupestres. Sin embargo, 5000 años antes ya había gente por los pirineos, procedentes de un grupo (M117) que hace 20.000 años llegó hasta Francia procedente del Medio Oriente que posteriormente se dispersó por Europa Central. Hablo de los vascos:


Se estima la parición de los vascos hace 35.000 años, siendo el euskera una de las pocas lenguas no indoeuropeas de Europa y uno de los idiomas no documentados más antiguos del Mundo aunque tiene una historia escrita bastante escasa. Han intentado vincularlo con idiomas de la región del Caucaso como Georgia o Rusia, y también con idiomas antiguos de España e Italia. Pero la mayoría de los expertos consideran que el euskera es un idioma aislado sin parientes existentes y hay una teoría que sugiere que el euskera es un vestigio de la lengua Cromagnon temprana que posteriormente evolucionó de forma aislada.

Otras cosa curiosa que podemos encontrar son evidencias de que el Ejercito Santo hizo algo más con los infieles que matarlos :p

Y eso ha sido todo por hoy. Os animo a echar un vistazo por la web del proyecto y recordad que podeis particiar!

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Instrument Element

Terminé la entrada anterior de la serie con un gráfico que representa los servicios principales del middleware gLite:


Como se puede ver hay servicios como StorageElement o ComputingElement, que nos permiten hacer uso de los recursos de almacenamiento y cómputo respectivamente, al mismo nivel que estos se sitúa InstrumentElement.

Un InstrumentElement se define como un conjunto de servicios que permiten el control remoto de instrumentos físicos. Es importante el plural, instrumentos, ya que pretende ser una entidad abstracta independiente del instrumento físico que haya por debajo.

Un instrumento se abstrae como cualquier aparato que hay que configurar, calibrar, controlar o monitorizar y que a veces requiere intervención humana. De esta forma podemos crear una interfaz o esqueleto común para todos los dispositivos, que habrá que rellenar, ampliar y adaptar con diferentes módulos para cada caso concreto. A este esqueleto básico, sus creadores le han dado el nombre de Tiny Instrument Element y permite agregar nuevos dispositivos al grid casi como añadimos nuevo hardware a nuestro PC: añadiendo un "driver" al middleware al tiempo que simplifica la creación de estos "drivers" o Instrument Manager.

Para probar las ventajas del proyecto se llevó a cabo un caso de estudio. Utilizando el Tiny Instrument Element, dos programadores (que no eran los creadores, obviamente) fueron capaces de aplicarlo a 6 tipos de instrumentos, extenderlos con un indice distribuido de agregación de datos (??) y completarlos con una interfaz de usuario en menos de dos meses. El dato me llama la atención porque yo, junto con un compañero, tardé el año pasado, 3 meses a full time en hacer un driver (tambien hay que decir que el diseño del programa que tenía que hacer uso del driver deja bastante que desear y dificultó mucho la tarea y tambien que seguro estos programadores tienen más experiencia que nosotros :p).

Por cierto que esto está recien salidito del horno, el artículo que presenta el Tiny Instrument vio la luz en Mayo de este mismo año en 4a Conferencia Internacional de Grid y Pervasive Computing

Fuentes: The Tiny Instrument Element Project, Instrument Element

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Instrumentación Remota: Hacia una infraestructura científica comunitaria

El instrumental científico por lo general es muy caro y no está al alcance de todas las instituciones. Además hay algún tipo de instrumental que tiene que estar en determinadas localizaciones (telescopios, sismógrafos...). ¿No sería interesante que cualquier científico de cualquier parte del mundo pudiera hacer uso de este instrumental sin tener que desplazarse? Podriamos plantearnos la misma pregunta en el ámbito universitario, ¿No sería interesante que alumnos de varias universidades puedan hacer uso de equipo común para las prácticas?
La respuesta a estas preguntas existe y es lo que se conoce como instrumentación remota.

La arquitectura Grid, se puede ver como una herramienta para la integración de recursos distribuidos. De forma que no sólo controle los recursos computacionales sino tambien dispositivos de medición y adquisición de datos (lo de la webcam del otro día no iba tan desencaminado :p)

Con el propósito definir recomendaciones para el diseño de los servicios de instrumentación remota de próxima generación se desarrolló proyecto RINGrid (Remote instrumentation in Next-Generation Grids), en el que colaboraron diversos paises de Europa y Latinoamérica.
El proyecto se cerró en Mayo del 2008 presentando los beneficios de la técnica, además de un modelo de arquitectura para el marco de trabajo y un prototipo de pequeña escala.

Las ventajas son bastante obvias: Mejor armotización del instrumental, permite colaboración directa entre instituciones lejanas y explotación de las capacidades clásicas de almacenamiento y cómputo del Grid.
En cuanto a las carencias, uno de los puntos débiles es el acceso en tiempo real a recursos, aunque se puede considerar que ya se tiene en la mayoría de los casos , hace falta definir estándares al respecto.

Basandose en los resultados de, entre otros, este proyecto nació el proyecto DORII, (Deployment Of Remote Instrumentation Infraestructure) pero de eso hablaré otro día ;)

La proxima entrada de la serie será sobre Arquitecturas Orientadas a Servicios

Fuentes: Grid Enabled Remote Instrumentation, RINGrid Whitepaper, EducaUse

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Computacion GRID: ¿Qué es?

Como sabéis me voy un par de meses a pelearme con el GRID, así que voy a explicar un poco de qué va

¿Qué es?
Supongo que todos los lectores del blog tienen claro de qué va el P2P.
El p2p es un sistema por el cual podemos descargar ficheros directamente de otros usuarios, y estos otros usuarios se pueden descargar ficheros nuestros. Esto presenta ventajas no se sobrecarga un único servidor, la descarga no falla si el servidor cae y hay otros usuarios compartiendo el mismo archivo, cualquier usuario puede compartir lo que quiera etc y lo mejor de todo es que todo lo gestiona un programita, el usuario no tiene que hacer casi nada.

Imagina que ahora además de compartir archivos puedes hacer uso del procesador, la RAM, la webcam (vale, ahí me he colado) ... etc de cualquier equipo conectado a la red, y además tienes un sistema que, al igual que el P2P, te gestiona los recursos de forma transparente. En líneas generales esto es un GRID.

¿Y esto en qué me beneficia?
La verdad es que al usuario final esta tecnología no le aporta demasiado, por ahora. Pero a la comunidad científica, el poder acceder a recursos remotos y distribuir la carga le resulta muy útil. Por ejemplo el CERN ha implementado un GRID para tratar las ingentes cantidades de información que generará el LHC. Los usuarios, por nuestra parte, podemos donar ciclos muertos de nuestra CPU a la ciencia en numerosos proyectos como el famoso SETI@home, Folding@Home (del que ya hablé en este blog) , y otros muchos más que se pueden encontrar en WorldCommunityGrid

Un proyecto curioso: EDUTAIN@GRID

El número de jugadores por sesión de un juego online que suporta un servidor depende de la carga que éste sea capaz de soportar. Típicamente se pueden distinguir dos tipos de juegos: Los Massive-multiplayer, con poca acción (RPGs) y los rápidos (Shooters) que soportan pocos jugadores por sesión ¿Y si distribuimos una parte de esta carga entre los jugadores y voluntarios? Uno de los objetivos de este proyecto, que cuenta con financiación europea, es el desarrollo de un massively multi-player shooter en primera persona

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Ayuda a la ciencia por un módico precio: The Genographic

¿Cómo llegamos aquí? ¿De dónde venimos? ¿Por qué somos tan distintos?

A estas cuestiones tan filosóficas pretende dar respuesta el proyecto Genographic que están desarrollando conjuntamente IBM y National Geographic. El estudio, que llevará cinco años, pretende conseguir un enorme banco de ADN para elaborar un mapa de los movimientos demográficos que poblaron la Tierra.

¿Y cómo podemos participar? Pues adquiriendo por el 'módico precio' de 99.95$ un kit para conseguir una muestra de nuestro ADN y enviarlo al proyecto. A cambio de contribuir a la ciencia podrás consultar tu 'haplogrupo' y ver dónde vivieron tus ancestros.

De momento, (y por un precio mucho más asequible :p) podemos leer en la web del proyecto en National Geographic que las primeras poblaciones humanas evolucionaron independientemente durante 100.000 años:


(A) Una prolongada colonización inicial (en marrón) de humanos 'anatómicamente modernos' (1) seguida de una oleada dispersa (verde) y fractura de la población (2)

(B) Una división temprana de Homo Sapiens en una zona hipotética de migración (1) resultó en dos poblaciones que evolucionaron separadas (2)


Fuente: IBM

Para ampliar: National Geographic-The Genographic,  American Journal of Human Genetics, PubMed

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Los herederos de SETI

Supongo que todos recordareis el proyecto SETI@home, aquel salvapantallas con el que desde finales del siglo pasado podemos buscar aliens desde nuestro PC. Se trata de un proyecto de computación distribuida en el que los internautas podemos donar los "ciclos muertos" de nuestro procesador a la ciencia. No sé que imagen se tendría en aquel momento el proyecto en la comunidad científica pero lo cierto es que a día de hoy la computación distribuida se perfila como la próxima revolución e en el mundo de la informática, o al menos eso dicen los padres biológicos de la web

Quiero presentaros otro proyecto, menos conocido pero que ha recibido algunos premios, que sigue esta misma filosofía en la Universidad de Stanford (que a muchos os sonará de los creadores de google). Se trata de Folding@home, un proyecto que pretende investigar el plegado de las proteínas así como las enfermedades relacionadas por plegamientos "malformados" (Alzheimer, Parkinson y vacas locas son algunos ejemplos).

¿El plegado de proteínas? Sí, la función que cumplen las proteinas depende de la forma en que se plieguen, pero los mecanismos de este proceso de plegado son aun desconocidos; por tanto uno de los objetivos del proyecto es simular este plegado para descubrir cómo funciona y cómo falla.

Coste computacional: Una proteína se pliega en, aproximadamente, una millonésima de segundo, sin embargo simular este proceso, teniendo en cuenta que son modelos tridimensionales, conllevaría unos 30 años de cómputo (en una máquina del 2000, ahora serán algunos menos), por eso se hace necesaria la distribución.

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